I 1999 blev der ved lov nedsat en undersøgelseskommission (PET-kommissionen), der fik til opgave at undersøge og redegøre for bl.a. politiets efterretningsvirksomhed i forhold til politiske partier i perioden 1945-1989. I 2000 fik det daværende DUPI, nu IIS (Institut for Internationale Studier), til opgave at udarbejde en historisk udredning om Danmarks sikkerhedspolitiske situation i perioden fra 1945 og frem til Sovjetunionens opløsning. I august 2002 blev udredningen udvidet til også at omfatte en gennemgang af den officielle danske sikkerhedspolitik og den danske sikkerhedspolitiske debat med særlig vægt på perioden hen imod den kolde krigs afslutning.

I forbindelse med disse undersøgelser etablerede Politiets Efterretningstjeneste et sekretariat til at bistå undersøgelseskommissionens og IIS’s arbejde. Det er sekretariatets opgave at finde de mange sager og dokumenter frem, som kommissionen og IIS skal bruge i forbindelse med deres undersøgelser.